Molly Minhonning (Natalie Portman) er den generte og sky ekspedient i Mester Magoriums Magiske Legetøjsbutik, det mærkeligste, mest fantastiske og mest vidunderlige sted i hele verden, for her findes alt legetøj man overhovedet kan forestille sig, og både butikken og alt legetøjet indeni er levende. Da Mester Magorium (Dustin Hoffman), butikkens 243-årige indehaver, testamenterer alt til Molly og oveni købet ansætter regnskabs-mutanten Henning Vester (Jason Bateman) til at tælle legoklodser, dukker og dinosauruser, bliver Den Magiske Legetøjsbutik rasende! Mørke og mystiske begivenheder finder sted, og kun en 9-årig dreng Erik (Zach Mills) kan hjælpe med at genfinde magien.