Søfartsmuseet råder over fire bygninger med mere end 30 udstillingslokaler, hvor søfarten er rigt repræsenteret. Her findes over 200 skibsmodeller, mere end 130 flaskeskibe, flere hundrede skibsportrætter og meget mere. Det er dog ikke udelukkende søfart, man finder på museet, der er også hjemstavn bl.a. udstillet gennem en lille “byvandring”, righoldige samlinger af gamle dragter, fajance, husgeråd og malerisamlinger.
Søfartsmuseet råder i dag over et antal mindre fartøjer, hvoraf nogle står på land på museet og nogle ligger i vandet i sommerhalvåret. Museet har også en sejlende enhed i form af et originalt fiskefartøj, en såkaldt drivkvase, Anne Karoline, som tidligere var rigt udbredt i Det Sydfynske Øhav.
Søfartsmuseet tilbyder en legeplads for børn i museumsgården!